清華大學(xué)數學(xué)科學(xué)系有著(zhù)輝煌而悠久的歷史。其前身，是創(chuàng )建于1927年的清華大學(xué)數學(xué)系和前工程力學(xué)數學(xué)系計算數學(xué)專(zhuān)業(yè)以及1979年恢復建立的應用數學(xué)系。
　　從1927年創(chuàng )建至今，清華數學(xué)共經(jīng)歷了三個(gè)不同的發(fā)展階段：1927年至1952年從創(chuàng )建到輝煌發(fā)展的階段、1952年至1979年從院系 調整到復建的特殊發(fā)展階段、1979年至今蓬勃發(fā)展的新階段�？梢哉f(shuō)，在每個(gè)發(fā)展階段清華數學(xué)系都為中國數學(xué)科學(xué)之發(fā)展和中國杰出科技人才之培養做出了很大的貢獻。
　　從1927年創(chuàng )立到1952年院系調整前的25年間，先后擔任過(guò)清華數學(xué)系主任的著(zhù)名數學(xué)家有鄭之番、熊慶來(lái)、楊武之、江澤涵、 趙訪(fǎng)熊、段學(xué)復等。他們不僅積極引進(jìn)和采用當時(shí)世界上最先進(jìn)的數學(xué)教學(xué)體系，而且力倡學(xué)術(shù)研究、廣泛羅致人才，在短短二十五年里就使清華數學(xué)從創(chuàng )建走向輝煌。在這期間有許多國內知名數學(xué)家先后來(lái)清華數學(xué)系任教，其中包括孫光遠、曾遠榮、胡坤升、許寶祿、陳省身、華羅庚、莊圻泰、閔嗣鶴、徐利治、程民德、吳新謀、萬(wàn)哲先、馮康、周毓麟等。1935年還聘請了法國數學(xué)家、當時(shí)的世界算學(xué)會(huì )副會(huì )長(cháng)J.Hadamard和美國數學(xué)家、現代控制論創(chuàng )始人N.Wiener擔任客座教授。這期間也涌現出了不少的數學(xué)人才，如陳省身、華羅庚、吳大任、莊圻泰、許寶祿、柯召等�？梢哉f(shuō)國際著(zhù)名數學(xué)家陳省身、華羅庚等就是從清華數學(xué)系走向世界的，他們的輝煌成就對當代數學(xué)的發(fā)展產(chǎn)生了深遠的影響。由于提倡教學(xué)與研究兼重，當時(shí)取得了一批頗有影響的研究成果。如熊慶來(lái)在亞純函數方面所建立的無(wú)窮亞純函數論；楊武之在我國現代數論研究方面的開(kāi)創(chuàng )性工作“棱錐數的華林問(wèn)題”；華羅庚在解析數論方面關(guān)于素數變換的Waring問(wèn)題的研究以及變數之素數的方程組的研究；陳省身對微分幾何中高斯—波內公式的研究以及拓撲學(xué)、Finsler幾何的研究等。1941年華羅庚的“堆壘素數論”獲得教育部頒發(fā)的首屆學(xué)術(shù)研究及著(zhù)作發(fā)明國家一等獎，許寶祿的“數理統計”論文獲二等獎。
　　從1952年到1979年清華數學(xué)經(jīng)歷了一個(gè)特殊的發(fā)展時(shí)期。1952年全國高校進(jìn)行了院系調整，清華大學(xué)數學(xué)系并入了北京大學(xué)數學(xué)系及其它院校。由于工程教育的需要，清華大學(xué)設立了高等數學(xué)教研室，主要擔負全校數學(xué)基礎課的教學(xué)任務(wù)，當時(shí)教授只 留下趙訪(fǎng)熊一人。1958年創(chuàng )建了國內第一個(gè)工科大學(xué)的計算數學(xué)專(zhuān)業(yè)，至1966年高等數學(xué)與計算數學(xué)兩個(gè)教研組教職工總人數達到了117人，教授有趙訪(fǎng)熊、孌汝書(shū)、周華章。六十年代，趙訪(fǎng)熊在計算數學(xué)方面的研究工作以及其他同志的研究工作在國 內也有一定影響。這期間良好的數學(xué)基礎教學(xué)工作也為清華大學(xué)培養優(yōu)秀科技人才發(fā)揮了很大的作用。
　　1979年清華大學(xué)數學(xué)系重建并更名為應用數學(xué)系，趙訪(fǎng)熊出任系主任。從此清華數學(xué)又迎來(lái)了一個(gè)新的發(fā)展時(shí)期。當時(shí)的應用 數學(xué)系下設五個(gè)教研室：計算數學(xué)教研室、離散數學(xué)教研室、微分方程教研室、概率統計教研室和數學(xué)分析教研室。1986年又 增設運籌學(xué)教研室。1981年，在剛剛復建兩年之后，清華大學(xué)應用數學(xué)系就憑著(zhù)她的特色和實(shí)力獲得了計算數學(xué)學(xué)科的博士點(diǎn)。1984又獲得了應用數學(xué)博士點(diǎn)。進(jìn)入八十年代之后，清華大學(xué)應用數學(xué)系的數學(xué)研究工作全面展開(kāi)。每年的科研項目都保持在三十項左右。在應用微分方程的研究方面，以蕭樹(shù)鐵為首的課題組關(guān)于水滲流問(wèn)題的研究在國內外處于領(lǐng)先地位，并有多項研究成果獲國家和省部級獎。在計算數學(xué)研究方面，有限元方法、數值代數、非線(xiàn)性方程組數值解法及科學(xué)計算軟件、并行算法等均有重要成果，并有多項研究成果獲國家和部委科技進(jìn)步獎，在國內處于領(lǐng)先水平。
　　二十世紀90年代末，數學(xué)系又迎來(lái)了一個(gè)新的發(fā)展機遇。1999年系名更改為數學(xué)科學(xué)系，以更好的反映本系教學(xué)和研究對數學(xué) 科學(xué)的涵蓋。近年來(lái)，學(xué)校加大了對數學(xué)學(xué)科發(fā)展的投入，大大改善了辦公、教學(xué)、科研等硬件環(huán)境，良好的激勵機制創(chuàng )造了濃厚的學(xué)術(shù)氛圍，而從海內外引進(jìn)的各學(xué)科領(lǐng)域的優(yōu)秀人才也為清華數學(xué)的發(fā)展注入了新的活力。目前，數學(xué)系已形成一支實(shí)力雄厚的教師隊伍。全系教師共計74人，其中正教授33人，副教授30人，講師11人。教師中擁有長(cháng)江特聘教授2人，國家杰出青年基金獲得者9人，入選教育部（跨）新世紀人才計劃5人，校百人計劃4人，教育部創(chuàng )新研究團隊1個(gè)。
　　經(jīng)過(guò)幾代人的不斷努力，清華數學(xué)系已成為國內幾個(gè)最具實(shí)力的數學(xué)系之一。繼1981年獲得計算數學(xué)專(zhuān)業(yè)博士點(diǎn)，1984年獲得 應用數學(xué)專(zhuān)業(yè)博士點(diǎn)，1998年獲得基礎數學(xué)專(zhuān)業(yè)博士點(diǎn)之后，2000年獲得了數學(xué)一級學(xué)科博士學(xué)位授予權。