清華大學(xué)工業(yè)工程學(xué)科發(fā)展始于20世紀90年代，1993年第一批獲準設立工業(yè)工程工程碩士專(zhuān)業(yè)，1997年起設立本科專(zhuān)業(yè)并開(kāi)始招生，后又獲準按"管理科學(xué)與工程"一級學(xué)科授予工業(yè)工程方向工學(xué)碩士和博士學(xué)位。
　　2001年10月11日，清華大學(xué)工業(yè)工程系正式成立，特聘美國工程院院士、普渡大學(xué) Salvendy 教授出任首屆系主任和講席教授。工業(yè)工程系的立系宗旨是：“在教育與研究方面建成世界一流的工業(yè)工程系，致力于提高中國和世界的生產(chǎn)力、提高人民的生活質(zhì)量與生活水平。”
　　建系以來(lái)，工業(yè)工程系本著(zhù)高起點(diǎn)、高水平、開(kāi)放式的辦學(xué)方針，參照國際一流的標準，建立了既與世界一流大學(xué)接軌又與中國經(jīng)濟社會(huì )發(fā)展需要相符合的工業(yè)工程學(xué)科和教育體系。全系師生員工努力貫徹立系宗旨，引進(jìn)一流的師資，以國際化的視野探索教育改革，追求學(xué)術(shù)卓越，廣泛開(kāi)展國際合作，實(shí)現了跨越式的發(fā)展，形成了開(kāi)放式國際化辦學(xué)、重視創(chuàng )新能力培養和實(shí)踐教育的鮮明特色，走出了一條充分汲取國際經(jīng)驗和利用國際資源的開(kāi)放式辦學(xué)之路，已培養了一批兼具工程技術(shù)與管理技能、具有國際視野與競爭力的復合型創(chuàng )新人才，成為清華園里一個(gè)富有特色和活力的院系。
　　工業(yè)工程系的發(fā)展已得到國內外的高度評價(jià)。2011年4月，由6位美國工程院院士和著(zhù)名學(xué)者對工業(yè)工程系進(jìn)行了國際學(xué)科評估，認為清華大學(xué)工業(yè)工程系的本科教育達到美國前10名的水平，在部分研究領(lǐng)域已有世界一流的表現。
　　工業(yè)工程學(xué)科致力于解決與效率、質(zhì)量、成本和安全相關(guān)的系統問(wèn)題，對于我國下一階段的經(jīng)濟與社會(huì )轉型，改善經(jīng)濟與社會(huì )發(fā)展的質(zhì)量，提高人民的生活水平，建設和諧富裕的強大國家，無(wú)疑能有非凡的貢獻。