北京大學(xué)生態(tài)學(xué)教學(xué)和科研發(fā)展的歷史可以追溯到解放之初的全國院系調整時(shí)代。從上個(gè)世紀五十年代初期，北京大學(xué)地質(zhì)地理系和生物系的一批教員即開(kāi)始從事地植物學(xué)教學(xué)和科研工作，并使北京大學(xué)成為全國高校植物生態(tài)學(xué)的重要人才培養基地。1970年代后期，獨立后的北京大學(xué)地理系成立了以陳昌篤先生為首的地植物學(xué)教研組，在承襲傳統的地植物學(xué)研究的同時(shí)，開(kāi)拓了區域生態(tài)環(huán)境研究這一新的領(lǐng)域。1980 年代后期，北京大學(xué)城市與環(huán)境學(xué)系生態(tài)教研室的成立，標志著(zhù)北京大學(xué)生態(tài)學(xué)的發(fā)展有了更為堅實(shí)的組織機構平臺。此后的10余年時(shí)間里，北京大學(xué)的生態(tài)學(xué)教學(xué)和科研隊伍不斷壯大，特別是通過(guò)人才引進(jìn)顯著(zhù)提高了教師隊伍的整體科研水平。同時(shí)，根據國內外學(xué)科的發(fā)展動(dòng)向和國家社會(huì )經(jīng)濟發(fā)展的需求，北京大學(xué)又先后開(kāi)辟的生物多樣性保護、全球環(huán)境變化和景觀(guān)生態(tài)學(xué)等一系列新的發(fā)展方向。北京大學(xué)生態(tài)學(xué)系正式成立于2002年，生態(tài)學(xué)本科專(zhuān)業(yè)于2001年經(jīng)教育部批準成立，2003年正式招生，生態(tài)學(xué)在北京大學(xué)的發(fā)展基礎得到進(jìn)一步鞏固。

　　生態(tài)學(xué)系現有在職教職人員11人，海內外兼職教員5人，返聘人員3人。全部人員中，教授11人(返聘3人，在職3人，兼職5人)，副教授5人，講師3人。系主任為方精云院士。

　　近年來(lái)，在“985工程”、“211工程”和“理科基地”建設項目的資助下，本系先后購置了 600余萬(wàn)元的教學(xué)和科研設備，完成了生態(tài)學(xué)教學(xué)實(shí)驗室的建設。目前已具備植物生理生態(tài)學(xué)測定、孢粉分析、樹(shù)木年輪分析、植物形態(tài)與解剖、植物化學(xué)與土壤化學(xué)分析、植被數量分析等實(shí)驗和模擬條件。作為北京大學(xué)“地表過(guò)程與分析模擬教育部重點(diǎn)實(shí)驗室”的一部分，具備先進(jìn)的生態(tài)學(xué)過(guò)程分析的實(shí)驗條件。一個(gè)集科研和教學(xué)實(shí)習為一體、投資近600萬(wàn)元的野外定位研究站——“北京大學(xué)地球環(huán)境與生態(tài)系統塞罕壩實(shí)驗站”(PKU-SOGES) 也已建成使用。

　　2001年以來(lái)，本系教員先后承擔了國家重點(diǎn)基礎發(fā)展規劃項目(973項目)、國家自然科學(xué)基金重大研究計劃以及重點(diǎn)和面上項目、教育部重大科技項目、部委項目和國際合作項目72項，經(jīng)費總額達到3022萬(wàn)元，平均每年約500萬(wàn)元，人均年科研經(jīng)費在50萬(wàn)元以上。全系出版專(zhuān)著(zhù)10余部，在國內外核心刊物上發(fā)表論文近300余篇，其中SCI收錄論文70余篇。通過(guò)這些研究，先后解決了一系列重要理論和應用問(wèn)題;在碳循環(huán)研究方面取得了具有突破性的研究成果，引起國內外的廣泛關(guān)注。這些成果不但具有重要的理論意義，也為我國在京都議定書(shū)履約過(guò)程中最大限度爭取國家利益提供了堅實(shí)的科學(xué)依據，因而成為北京大學(xué)創(chuàng )建世界一流大學(xué)第一期計劃執行過(guò)程中的標志性成果之一。全系已逐步形成了全球氣候變化及其生態(tài)響應、生物多樣性保護、植被生態(tài)學(xué)、生態(tài)系統生理學(xué)、地下生態(tài)學(xué)、景觀(guān)生態(tài)與景觀(guān)規劃、以及城市生態(tài)學(xué)等幾個(gè)有特色的研究方向。