自動(dòng)化技術(shù)是一門(mén)新興的科學(xué)技術(shù)，它以控制論、信息論和系統論為理論基礎。自動(dòng)化學(xué)科發(fā)展迅速，新理論、新技術(shù)、新元件、新方法層出不窮，因此要求本系學(xué)生其有深厚的理論基礎，寬廣的知識而和較強的實(shí)際工作能力。為了拓寬專(zhuān)業(yè)面，培養適應性更強、水平更高的人才，從1993年級開(kāi)始，自動(dòng)化系本科只設自動(dòng)化一個(gè)專(zhuān)業(yè)。
自動(dòng)化技術(shù)是一門(mén)融控制技術(shù)、信息處理技術(shù)、電子技術(shù)、計算機技術(shù)以及網(wǎng)絡(luò )通訊技術(shù)為一體的綜合性學(xué)科，其中計算機和通訊網(wǎng)絡(luò )已成為實(shí)現自動(dòng)化不可缺少的工具。自動(dòng)化系現設有國家教育部批準的控制科學(xué)與工程一級學(xué)科，具有全學(xué)科范圍內授予博士和碩士學(xué)位資格。目前系內建有二級學(xué)科四個(gè)，即控制理論與控制工程、模式識別與智能系統、系統工程以及檢測技術(shù)與自動(dòng)化裝置，其中控制理論與控制工程以及模式識別與智能系統是教育部批準的國家級重點(diǎn)學(xué)科。與一級學(xué)科相關(guān)的國家重點(diǎn)實(shí)驗室包括國家CIMS工程技術(shù)研究中心和智能技術(shù)與系統國家實(shí)驗室智能信息處理分室。
建系三十多年來(lái)，自動(dòng)化系承擔了許多重大科研項目，其中包括國家863計劃高科技項目，國家六五、七五、八五和九五科技攻關(guān)項目，國家自然科學(xué)基金項目和大型橫向項目等400多項，在學(xué)術(shù)上和實(shí)際應用方面都取得了豐碩成果。近年來(lái)獲國家級獎勵15項，國家教委科技進(jìn)步獎20項，其它部委省市級獎勵18項。近年來(lái)，每年在國際國內重要學(xué)術(shù)刊物或學(xué)術(shù)會(huì )議上發(fā)表論文300多篇，并多次主辦國際學(xué)術(shù)會(huì )議和全國性學(xué)術(shù)會(huì )議，許多項目的研究水平已進(jìn)入國際先進(jìn)行列。
自動(dòng)化系聘請了著(zhù)名控制理論專(zhuān)家、全國政協(xié)副主席、中科院院士宋鍵，著(zhù)名自動(dòng)化技術(shù)與儀表專(zhuān)家朱良漪，國務(wù)院發(fā)展研究中心技術(shù)經(jīng)濟部部長(cháng)、電子工程技術(shù)與技木經(jīng)濟專(zhuān)家鄧壽鵬等為兼職教授；同時(shí)，還聘請了美籍著(zhù)名控制理論專(zhuān)家、外籍雙院士何毓琦教授，美籍著(zhù)名機器人學(xué)專(zhuān)家談自忠教授，德國檢測技術(shù)信號處理專(zhuān)家E.Schrufer教授，日本電子技木專(zhuān)家高木冬二教授，美國Notre Dame大學(xué)電機工程系劉瑞文教授等為我系客座教授；香港合榮實(shí)業(yè)有限公司董事長(cháng)總經(jīng)理李森能先生為我系的顧問(wèn)教授。日本正和株式會(huì )社取締役董事彭毅先生為我系客座副教授。
為了實(shí)現學(xué)校創(chuàng )辦世界一流大學(xué)的總目標，自動(dòng)化系于2001年10月15日正式邀請何毓琦等6位國內外著(zhù)名學(xué)者，組成了清華大學(xué)第一個(gè)講席教授組，并在此基礎上組建了智能與網(wǎng)絡(luò )化系統研究中心。該中心由美國哈佛大學(xué)講座教授，美國工程院院士，中國科學(xué)院、中國工程院兩院外籍院士、著(zhù)名華裔科學(xué)家何毓琦教授和中國科學(xué)院、中國工程院兩院院士，中國工程院院長(cháng)、美國工程院外籍院士宋健教授擔任首席科學(xué)家，西安交通大學(xué)特聘教授管曉宏教授擔任中心主任，自動(dòng)化系副主任張佐副教授擔任中心副主任。講席教授組成員包括陸寶森教授（美國康涅狄格大學(xué)BRC研究中心主任、講座教授），曹希仁教授（香港科技大學(xué)教授，香港科技大學(xué)網(wǎng)絡(luò )研究中心主任），龔維博教授，（美國馬塞諸薩大學(xué)教授），管曉宏教授，嚴厚民教授（香港中文大學(xué)教授）。該中心的宗旨是在智能與網(wǎng)絡(luò )化系統領(lǐng)域開(kāi)展世界一流水平的科學(xué)研究，培養和訓練世界一流水平的年輕教師和研究生。該中心學(xué)者和科學(xué)家將發(fā)揮集體智慧，將中心辦成智能與網(wǎng)絡(luò )化系統領(lǐng)域的世界一流的研究機構。
自動(dòng)化系座落于清華大學(xué)中央主樓，擁有全部第4、5、6和7層以及部分第8層在內的約6000平方米的使用面積�，F設有控制理論及應用、系統集成技術(shù)、信息處理技術(shù)、過(guò)程控制技術(shù)、系統工程和電子及檢測技術(shù)6個(gè)研究所；系機關(guān)設有業(yè)務(wù)、黨務(wù)人事和行政財務(wù)3大辦公室。
在自動(dòng)化系實(shí)力雄厚的師資隊伍中，不僅有一批享譽(yù)國內外的老教授，還擁有一批中青年骨干教師，隊伍結構合理。目前，教職工總數160多人，其中有中國科學(xué)院院士和中國工程院院士各1人，教授和研究員42人，副教授、副研究員和高級工程師62人，講師、工程師和助研25人；全系在校本科生760人，博士生133人，碩士生221人。
自動(dòng)化系現有10多個(gè)設備先進(jìn)的實(shí)驗室，包括國家863高技術(shù)領(lǐng)域的計算機集成制造系統（CIMS）工程研究中心、國家重點(diǎn)實(shí)驗室智能技木與系統實(shí)驗室智能信息處理分室、電子技術(shù)實(shí)驗室、計算機原理實(shí)驗室、控制理論實(shí)驗室、運動(dòng)控制系統實(shí)驗室、自動(dòng)檢測及自動(dòng)化儀表實(shí)驗室、過(guò)程控制實(shí)驗室、計算機控制系統實(shí)驗室、清華-Festo自動(dòng)化技木中心、清華－NEC單片機研究與培訓中心、清華－OMRON自動(dòng)化技術(shù)實(shí)驗室、清華－Rockwell自動(dòng)化實(shí)驗室、多媒體與網(wǎng)絡(luò )實(shí)驗室、清華大學(xué)與清華紫光合建的智能交通系統聯(lián)合實(shí)驗室等等。這些實(shí)驗室在我系的教學(xué)、科研工作中都發(fā)揮了重要的作用。
自動(dòng)化系十分注重課程和學(xué)風(fēng)建設。近年出版了各種教材和專(zhuān)著(zhù)31部；開(kāi)出的技術(shù)基礎課和專(zhuān)業(yè)課程中，校級一類(lèi)課1門(mén)，系級一類(lèi)課5門(mén)。為此曾榮獲清華大學(xué)教學(xué)優(yōu)秀成果一等獎4次、二等獎34次。在教育部（原國家教委）組織的我國歷史上第一次全國普通高等學(xué)校優(yōu)秀教學(xué)成果獎評選中，清華大學(xué)所獲的兩項國家級特等獎均出于自動(dòng)化系。在1997年普通高等學(xué)校國家級教學(xué)成果獎中，自動(dòng)化系教師獲特等獎1個(gè)、二等獎2個(gè)。學(xué)生中每年獲市級、校級先迸集體、優(yōu)良學(xué)風(fēng)班和甲級團支部稱(chēng)號的班級在全校也位列榜首。
自動(dòng)化系學(xué)生積極開(kāi)展課外科技活動(dòng)，踴躍參加各項科技大賽，多次榮獲清華大學(xué)挑戰杯科展團體總分第一名，在各種類(lèi)型的建模、物理、計算機等大賽中獲得好成績(jì)，在1997年日本舉行的機器人大賽（大學(xué)生組）中獲最佳技木獎。通過(guò)這些科技活動(dòng)，拓寬了學(xué)生的專(zhuān)業(yè)面，培養了學(xué)生的動(dòng)手能力。自動(dòng)化系學(xué)生積極參加文藝、體育活動(dòng)，一年一度的一二。九文藝匯演給同學(xué)們提供了施展才華的機會(huì )；廣大同學(xué)積極參與群眾性的體育活動(dòng)，曾創(chuàng )下馬約翰杯校田徑運動(dòng)會(huì )四連冠的紀錄。自動(dòng)化系是一個(gè)大家庭，全系同學(xué)在自覺(jué)、自律、自強的自動(dòng)化精神的激勵下，在德、智、體、美各方面都能得到健康發(fā)展。本系畢業(yè)生歷年供不應求，深造和求職的選擇余地很大。近幾年每屆畢業(yè)生約70％以上被免試錄取為直讀的博士或碩士研究生，其余同學(xué)根據雙向選擇在科研院所、高校、國家重點(diǎn)企事業(yè)單位和公司找到能發(fā)揮自己所學(xué)專(zhuān)長(cháng)的滿(mǎn)意的工作崗位。
自動(dòng)化系還得到了社會(huì )各界的關(guān)注與支持，由各單位及學(xué)校提供的各種獎學(xué)金多達30余種，獎勵在學(xué)習和其它活動(dòng)中做出突出成績(jì)的學(xué)生。此外學(xué)校和系還為學(xué)生提供了各種勤工助學(xué)的機會(huì )。幫助學(xué)生接觸社會(huì )、了解社會(huì )并最終服務(wù)社會(huì )。