制藥工程學(xué)院是沈陽(yáng)藥科大學(xué)辦學(xué)歷史最長(cháng)的院（系）之一。其前身為東北藥學(xué)院制藥系，經(jīng)東北行政委員會(huì )批準，于1949年正式成立。

　　制藥工程學(xué)院現設有藥物化學(xué)和制藥工程與環(huán)境科學(xué)兩個(gè)系、下設五個(gè)專(zhuān)業(yè)教研室、兩個(gè)實(shí)驗教學(xué)中心。學(xué)院開(kāi)設的《藥物化學(xué)》、《化學(xué)制藥工藝學(xué)》為國家級精品課、《有機化學(xué)》、《無(wú)機化學(xué)》、《藥物合成反應》為省級精品課，《化工原理》為校級精品課。學(xué)院的藥物化學(xué)課獲國家級首批雙語(yǔ)教學(xué)示范課，制藥工程專(zhuān)業(yè)被教育部評為國家特色專(zhuān)業(yè)，應用化學(xué)專(zhuān)業(yè)為省級特色專(zhuān)業(yè)，藥物化學(xué)學(xué)科為遼寧省重點(diǎn)學(xué)科，化學(xué)實(shí)驗教學(xué)中心為遼寧省實(shí)驗教學(xué)示范中心。

　　學(xué)院現有藥物化學(xué)和制藥工程專(zhuān)業(yè)兩個(gè)博士學(xué)位授權點(diǎn)和藥學(xué)博士后流動(dòng)站。設有化學(xué)學(xué)科和化學(xué)工程與技術(shù)學(xué)科一級碩士學(xué)位授權點(diǎn)、藥物化學(xué)、生物化工、應用化學(xué)、有機化學(xué)等碩士學(xué)位授予點(diǎn)，并招收制藥工程、環(huán)境科學(xué)、應用化學(xué)等專(zhuān)業(yè)本科生。

　　學(xué)院現有在校學(xué)生1290人，其中博士研究生46人，碩士研究生326人，本科生918人。全院87名教職員工中，現有教授18人，副教授28人。全院現有博士研究生導師13人，碩士研究生導師42人。省級教學(xué)名師2人，校級教學(xué)名師2人。

　　學(xué)院目前承擔面向全校本科13個(gè)專(zhuān)業(yè)共84門(mén)基礎課、專(zhuān)業(yè)基礎課、專(zhuān)業(yè)課和實(shí)驗課的教學(xué)任務(wù)，其中20余門(mén)課程由教授擔任主講。同時(shí)，還承擔兩個(gè)專(zhuān)業(yè)研究生13門(mén)課程的教學(xué)任務(wù)。學(xué)院教師主編無(wú)機化學(xué)、化學(xué)制藥工藝學(xué)、制藥裝備與車(chē)間設計等全國統編教材多部。

　　學(xué)院具有較強的科研力量和先進(jìn)的儀器設備，科研工作十分活躍。主要科研方向有針對重大疾病的創(chuàng )新藥物研究，包括受體藥物的合理藥物設計，如抗癌、抗病毒、抗潰瘍、抗炎、抗哮喘以及中樞神經(jīng)系統、心血管系統等創(chuàng )新藥物的研究；天然活性物質(zhì)的全合成及其結構改造研究；組合化學(xué)和綠色化學(xué)在新藥研究中的應用研究；化合物庫的建立與發(fā)展和化學(xué)信息學(xué)研究；非專(zhuān)利藥物合成工藝產(chǎn)業(yè)化研究等十幾個(gè)科研方向，是沈陽(yáng)藥科大學(xué)進(jìn)行化學(xué)合成原料藥研究與開(kāi)發(fā)的主要單位。學(xué)院在人才培養和技術(shù)開(kāi)發(fā)等方面，為我國醫藥事業(yè)的發(fā)展做出了重要貢獻。

　　近年來(lái)，學(xué)院先后承擔國家863計劃項目、創(chuàng )新藥物重大專(zhuān)項、國家自然科學(xué)基金項目、國家攻關(guān)項目、國家新藥基金項目和省部級項目40余項，面向生產(chǎn)的橫向課題30余項，國際合作研究項目5項。研究開(kāi)發(fā)成功國家一類(lèi)新藥1項，獲得2個(gè)一類(lèi)新藥證書(shū)。成為我國“九五”期間全國5個(gè)一類(lèi)新藥之一，受到國家有關(guān)部門(mén)的表獎。全院共獲得各類(lèi)新藥證書(shū)20余個(gè)。有關(guān)開(kāi)發(fā)項目取得了良好的經(jīng)濟效益和社會(huì )效益，并多次獲得省部級科技進(jìn)步獎。近五年來(lái)在國內外學(xué)術(shù)刊物和會(huì )議上發(fā)表論文600余篇，申報專(zhuān)利20項。在學(xué)術(shù)交流和人才培養方面，制藥工程學(xué)院同北京大學(xué)、吉林大學(xué)、軍事醫學(xué)科學(xué)院等單位保持著(zhù)良好的合作關(guān)系，開(kāi)展合作辦學(xué)、合作研究和合作培養研究生等。

　　在加強國內高校聯(lián)系交流的同時(shí)，學(xué)院還與英國、美國、日本、俄羅斯、韓國等20多個(gè)國家和地區的大學(xué)和科研部門(mén)建立了長(cháng)期穩定的合作關(guān)系，并開(kāi)展廣泛的國際合作與交流。