中醫系成立于2004年軍隊編制體制調整之際，目前已躋身國家教育部中西醫結合重點(diǎn)學(xué)科二期建設、國家“211工程”重點(diǎn)學(xué)科三期建設。是解放軍中醫腫瘤研究所、上海市綜合性醫院示范中醫科、國家中醫藥管理局三級實(shí)驗室、中西醫結合博士后流動(dòng)站，博士、碩士、本科生培養點(diǎn)，也是軍隊唯一承擔中醫外訓任務(wù)的單位。 學(xué)科已形成以中西醫結合防治腫瘤、糖尿病、婦科病為特色、學(xué)科全面發(fā)展的格局。學(xué)科帶頭人擔任中國中西醫結合學(xué)會(huì )副會(huì )長(cháng)、軍隊中醫藥學(xué)會(huì )副會(huì )長(cháng)、上海市中西醫結合學(xué)會(huì )副會(huì )長(cháng)等職。先后有2人進(jìn)入軍隊“拜院士為師”中醫藥學(xué)科帶頭人培養計劃，1人獲批總后科技銀星，1人進(jìn)入上海市醫學(xué)領(lǐng)軍人才培養計劃，5人次當選為國家和軍隊各級學(xué)會(huì )會(huì )長(cháng)、副會(huì )長(cháng)，已擁有國家杰出青年基金獲得者、軍隊中醫藥“國醫名師”、上海市名中醫、學(xué)校特級教員各1名，學(xué)校A級教員7名，優(yōu)秀本科生導師5名。 4人入選上海市青年科技啟明星培養計劃，承擔包括國家科技部重大專(zhuān)項課題、國家自然科學(xué)基金重點(diǎn)項目及重大國際合作項目、國家科技部“十一五”支撐計劃、軍隊“十一五”軍事專(zhuān)項、上海市基礎重點(diǎn)課題在內的科研項目70項，總科研經(jīng)費2485.8萬(wàn)元。在國際學(xué)術(shù)交流方面先后與美國、德國、澳大利亞等國的4個(gè)學(xué)校和研究所建立了長(cháng)期的學(xué)術(shù)交流與科研合作關(guān)系。 本學(xué)科先后招收中西醫結合專(zhuān)業(yè)博士生42名、碩士生91名，研究生教育培養質(zhì)量水平高。已畢業(yè)的26名博士生中，先后有12人走上了科主任工作崗位，有3名博士生、1名碩士生進(jìn)入上海市青年科技啟明星人才培養計劃，3名博士生進(jìn)入上海市優(yōu)秀青年醫學(xué)人才培養計劃，3名留校博士生被評為我校A級優(yōu)秀教員。