上海交通大學(xué)藥學(xué)院由上海交通大學(xué)和上海醫藥工業(yè)研究院共建，于2000年2月26日成立。藥學(xué)院是上海交通大學(xué)的二級學(xué)院，主要任務(wù)是招收和培養本科生、研究生（碩士、博士），學(xué)科建設、科學(xué)研究、技術(shù)開(kāi)發(fā)、成果產(chǎn)業(yè)化等。

　　藥學(xué)院傳承上海交通大學(xué)追求卓越的信念，以建設世界一流藥學(xué)院為奮斗目標，踐行知識傳授、能力建設和人格養成的“三位一體”人才培養理念，以本科教育為立院之本、科研為強院之路，充分發(fā)揮學(xué)科齊全、研究力量雄厚的優(yōu)勢，堅持教學(xué)和科研并重，培養綜合素質(zhì)高、專(zhuān)業(yè)知識面寬、業(yè)務(wù)能力強、具有競爭力的研究型和創(chuàng )新型藥學(xué)本科人才。

　　具有藥學(xué)博士后流動(dòng)站、藥學(xué)博士學(xué)位授予權、藥學(xué)和中藥學(xué)碩士學(xué)位授予權。2010年全球學(xué)科排名中藥理學(xué)與毒理學(xué)躋身ESI全球研究機構的前1%行列，4月-6月間該領(lǐng)域國際論文被引總頻次增長(cháng)速度居全球之冠，榮登ESI “Rising Star”。先后承擔國家重大科學(xué)研究計劃、“973計劃”、國家自然科學(xué)基金、“國家重大新藥創(chuàng )制”重大專(zhuān)項、“863計劃”、“支撐計劃”等眾多國家級重大和重點(diǎn)項目以及省部級重大和重點(diǎn)項目、國內外橫向合作研究項目。近五年來(lái)，授權發(fā)明專(zhuān)利80余項，發(fā)表SCI/EI論文500余篇，其中在Science，Nature Review Drug Discovery，Journa1 of Proteome Research，Cancer Research 等國際頂級期刊發(fā)表了數十篇有較大影響的學(xué)術(shù)論文。擁有“細胞工程及抗體藥物”教育部工程研究中心（籌）、國家中醫藥管理局三級實(shí)驗室、國家“重大新藥創(chuàng )制”技術(shù)平臺，以及“臨床評價(jià)研究技術(shù)平臺-臨床藥物動(dòng)力學(xué)和藥物代謝組”建設點(diǎn)等重要平臺基地。