1978年上海交通大學(xué)首個(gè)代表團出訪(fǎng)美國，帶回了國外發(fā)展生物醫學(xué)工程的信息。1979年上海交大建立了生物醫學(xué)工程專(zhuān)業(yè)，是全國最早建立生物醫學(xué)工程專(zhuān)業(yè)的大學(xué)之一。三十多年來(lái)，上海交大生物醫學(xué)工程專(zhuān)業(yè)的工作者們以“敢為人先，追求卓越”的精神作為指引，在科研、教學(xué)、產(chǎn)品研發(fā)等領(lǐng)域取得了一系列卓越的成就。它一直是全國最優(yōu)秀的生物醫學(xué)工程專(zhuān)業(yè)之一：在2002、2007年國家一級學(xué)科評比中分別列為生物醫學(xué)工程學(xué)科第三、第二名；于2002年被評為國家重點(diǎn)學(xué)科，并在2005年建立了系統生物醫學(xué)教育部重點(diǎn)實(shí)驗室。生物醫學(xué)工程專(zhuān)業(yè)已是上海交大這一百年名校中一個(gè)“亮點(diǎn)”專(zhuān)業(yè)之一。
　　1979年4月，在精密儀器和水聲專(zhuān)業(yè)基礎上，由朱章玉、高忠華和黃燮昌老師籌建生物醫學(xué)儀器專(zhuān)業(yè)，于當年7月開(kāi)始招生。國務(wù)院學(xué)位委員會(huì )分別于1981年、1990年審批同意上海交大“生物醫學(xué)儀器及工程”專(zhuān)業(yè)有權授予碩士、博士學(xué)位。1997年上海交大成立了生命科學(xué)技術(shù)學(xué)院，生物醫學(xué)工程系也同時(shí)宣告成立，朱貽盛教授任第一屆系主任。其間引進(jìn)了陳亞珠院士，聘任過(guò)胡鈞、徐學(xué)敏、任秋實(shí)三位長(cháng)江計劃特聘教授，（這三位長(cháng)江教授先后成為973首席科學(xué)家）。2004年上海交大生物醫學(xué)工程系成為全國生命科學(xué)和技術(shù)人才培養基地的一部分。2005年上海交通大學(xué)被教育部批準建立系統生物醫學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗室，本學(xué)科的學(xué)科帶頭人長(cháng)江計劃特聘教授徐學(xué)敏博士任該重點(diǎn)實(shí)驗室主任。2005年本學(xué)科“973”首席科學(xué)家、長(cháng)江計劃特聘教授任秋實(shí)博士任上海激光醫學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗室主任。2006年上海交通大學(xué)被教育部批準建立數字醫學(xué)工程中心，戴克戎教授任工程中心主任，陳亞珠院士任學(xué)術(shù)委員會(huì )主任。
　　2005年上海交大與原上海原第二醫科大學(xué)“強-強”合并后，將大力發(fā)展醫工、醫理交叉科學(xué)作為主要戰略之一。2007年11月12日在校領(lǐng)導的大力支持下，Med-X研究院正式成立，該院是上海交大“985工程”建設的重要科技創(chuàng )新平臺之一，是學(xué)校直屬的從事醫工、醫理交叉研究的科研教育機構。2011年4月8日，于上海交大建校115周年之際，生物醫學(xué)工程學(xué)院在整合Med-X研究院與生物醫學(xué)工程系的基礎上正式成立。

　　上海交通大學(xué)生物醫學(xué)工程學(xué)科共分四個(gè)研究方向：
　　1．醫療儀器
　　2．醫學(xué)影像與信息學(xué)
　　3．神經(jīng)科學(xué)與神經(jīng)工程
　　4．生物材料

　　在科研方面，2003年胡鈞教授領(lǐng)銜的“DNA單分子的納米操縱”獲上海市科技進(jìn)步二等獎。2004年徐學(xué)敏教授領(lǐng)銜的“中央空調系統中空氣清潔滅病毒病菌裝置研究”獲上海市科技進(jìn)步二等獎。同年莊天戈教授領(lǐng)銜的“JHQ醫學(xué)影像存取與傳輸系統”獲上海市科技進(jìn)步三等獎。2005年，孫福成教授領(lǐng)銜的“高強度聚焦超聲治腫瘤設備”獲上海市科技進(jìn)步三等獎。2005年朱貽盛教授領(lǐng)銜的“非線(xiàn)性分析方法在心腦重大疾病診斷中的應用”獲教育部提名國家自然科學(xué)獎一等獎。2006年梁培基教授領(lǐng)銜的“視網(wǎng)膜神經(jīng)元突觸可塑性及視網(wǎng)膜神經(jīng)元網(wǎng)絡(luò )中的信息處理”獲得上海市自然科學(xué)獎三等獎。2005年任秋實(shí)教授獲973首席項目一項。2009年徐學(xué)敏教授獲973首席項目一項。在全國重點(diǎn)學(xué)科中僅上海交大有兩位生物醫學(xué)工程的973首席科學(xué)家。在近5年中，生物醫學(xué)工程系有973一級子項目7個(gè)、863重點(diǎn)項目2項、國家自然科學(xué)基金重點(diǎn)項目1項、上�？莆�重大項目3項、專(zhuān)項2項、重點(diǎn)項目1項，有授權專(zhuān)利26項和國家標準1項。生物醫學(xué)工程系的教師在A(yíng)nnals of Biomedical Engineering、Nano letters、Angewandte Chemie International Edition、Biophysical Journal、ASME Journal of Biomechanical Engineering、ASME Journal of Heat Transfer、IEEE Transactions on Medical Imaging、IEEE Transactions on Image Processing、IEEE Transactions on Biomedical Engineering、IEEE Transactions on Neural Systems and Rehabilitation Engineering、Annual Review of Biomedical Engineering、Optics Express、 Optics Letters、Biomaterials、Chemistry of Materials等國際一流期刊發(fā)表了一系列高質(zhì)量的論文。徐學(xué)敏教授擔任了Annals of Biomedical Engineering的Associate Editor，童善保研究員擔任了IEEE Transactions on Neural Systems and Rehabilitation Engineering的Associate Editor，趙俊副教授擔任了International Journal of Biomedical Imaging的Associate Editor 、International Journal of Imaging的Editor。
　　在教學(xué)方面，1996年莊天戈教授獲電子部工業(yè)部第三屆全國工科電子類(lèi)專(zhuān)業(yè)優(yōu)秀教材一等獎（計算機在生物醫學(xué)中的應用（第一版））； 1999年莊天戈教授獲上海市育才獎；2002年莊天戈教授編寫(xiě)的教材《計算機在生物醫學(xué)工程中的應用》 （第二版）獲教育部全國普通高等學(xué)校優(yōu)秀教材二等獎； 2004年莊天戈教授負責、趙俊副教授主講的《生物醫學(xué)圖像處理》獲國家級精品課程（全國生物醫學(xué)工程學(xué)科中第一門(mén)國家精品課程），同時(shí)獲上海市優(yōu)秀教育成果一等獎。 2000年張緒省的博士論文被評為全國百篇優(yōu)秀博士論文，這是上海交大第一篇入圍的全國優(yōu)秀博士學(xué)位論文，指導教師為朱貽盛教授；2004年童善保的博士論文被評為全國百篇優(yōu)秀博士論文，指導教師為朱貽盛教授；2005年朱貽盛教授被授予上海市優(yōu)秀教育工作者稱(chēng)號，同時(shí)獲上海市優(yōu)秀教育成果一等獎。