制藥工程系是學(xué)校整合制藥工程專(zhuān)業(yè)等相關(guān)資源組建而成�，F擁有制藥工程本科專(zhuān)業(yè)、生物化工碩士授權點(diǎn)、生物質(zhì)化學(xué)化工博士授權點(diǎn)以及制藥工程領(lǐng)域工程碩士授權資格。其中制藥工程專(zhuān)業(yè)是1997年與安徽中醫學(xué)院合辦的專(zhuān)業(yè)，為國內最早一批招收本科制藥工程專(zhuān)業(yè)的高校，2003年在兩校資源共享的基礎上，實(shí)現獨立招生，經(jīng)過(guò)10多年的建設，本專(zhuān)業(yè)已成為合肥工業(yè)大學(xué)的教改示范專(zhuān)業(yè)、優(yōu)勢專(zhuān)業(yè)和校級特色專(zhuān)業(yè)，并于2009年被列為國家級特色專(zhuān)業(yè)。制藥工程系現已為國家培養并向社會(huì )輸送本科生和研究生800？余人，在讀本科生和研究生近400？人。
　　制藥工程系現有專(zhuān)職教師12人，其中教授2人，副教授5人，碩士生導師7人，所有授課教師均具有碩士以上學(xué)位，其中已獲博士學(xué)位7人，在職攻讀博士學(xué)位3人。這些教師分別擁有醫學(xué)、藥學(xué)、化學(xué)、制藥工程、生物化工等專(zhuān)業(yè)教育背景，部分教師同時(shí)具有工業(yè)界一線(xiàn)工作經(jīng)歷。教師隊伍先后承擔了多項教學(xué)研究課題，取得了國家級教學(xué)成果二等獎1項、省級教學(xué)成果二等獎1項和國家級質(zhì)量工程項目2項，完成數十項國家級、省部級科研課題以及企業(yè)委托科研項目。另還配備了專(zhuān)門(mén)的實(shí)驗與教學(xué)設備，建有校內外實(shí)習教學(xué)基地10余家，具有較完備的專(zhuān)業(yè)實(shí)踐教學(xué)與科研實(shí)驗平臺條件。