醫學(xué)工程學(xué)院是合肥工業(yè)大學(xué)整合學(xué)校制藥工程學(xué)科和生物醫學(xué)工程學(xué)科相關(guān)資源于2011年3月組建而成。學(xué)院設置有制藥工程和生物醫學(xué)工程2個(gè)本科專(zhuān)業(yè)，擁有生物化工二級學(xué)科碩士學(xué)位授權點(diǎn)，制藥工程碩士學(xué)位授權點(diǎn)，制藥工程專(zhuān)業(yè)碩士學(xué)位授權點(diǎn)，以及生物質(zhì)化學(xué)與化工博士學(xué)位授權資格。制藥工程學(xué)科和生物醫學(xué)工程學(xué)科已經(jīng)培養本科生和研究生1100多人。目前在校本科生和研究生近500人。
　　醫學(xué)工程學(xué)院致力于制藥工程和生物醫學(xué)工程專(zhuān)業(yè)人才的培養，專(zhuān)注于醫藥、診療技術(shù)與設備、醫療儀器與制造，以及生物材料、組織工程等新興研究領(lǐng)域。學(xué)院下設制藥工程系和生物醫學(xué)工程系，擁有藥物分子設計與合成研究所、生物醫學(xué)信息工程研究所和隸屬于教育部農產(chǎn)品生物化工工程研究中心的生物化工與制藥工程研究所。學(xué)院建有生物醫學(xué)與制藥工程中心實(shí)驗室和控釋藥物研究室，實(shí)驗設備價(jià)值一千多萬(wàn)元。此外，醫學(xué)工程學(xué)院還建有校內外實(shí)習教學(xué)基地10余家，具有較完備的專(zhuān)業(yè)實(shí)踐教學(xué)與科研實(shí)驗平臺條件。
　　醫學(xué)工程學(xué)院現有教職員工25人，包括教授5人、副教授5人和高級實(shí)驗師2人。教職員工中擁有博士學(xué)位的占20人，來(lái)自于醫學(xué)、藥學(xué)、化學(xué)、制藥工程、生物化工、生物醫學(xué)工程、材料工程等專(zhuān)業(yè)教育背景。部分教師同時(shí)具有工業(yè)界一線(xiàn)工作經(jīng)歷。這支隊伍先后承擔了多項教學(xué)研究課題，取得了國家級教學(xué)成果二等獎1項、省級教學(xué)成果二等獎1項和國家級質(zhì)量工程項目2項。
　　醫學(xué)工程學(xué)院已經(jīng)完成數十項國家級、省部級科研課題以及企業(yè)委托科研項目。學(xué)院在新藥創(chuàng )制和制藥工程研究方向具有較強的實(shí)力，已經(jīng)開(kāi)發(fā)出一類(lèi)新藥心腦血管藥物銀杏內酯B注射劑；作為區域性緩釋化療技術(shù)的引領(lǐng)者，開(kāi)發(fā)了國內外首創(chuàng )的抗腫瘤氟尿嘧啶植入劑（新藥證書(shū)和GMP證書(shū)）。目前學(xué)院正在大力拓展醫療成像技術(shù)和組織材料工程等特色科研領(lǐng)域。
　　醫學(xué)工程學(xué)院積極投身于辦學(xué)理念和人才培養模式的創(chuàng )新，努力打造高水平、有特色的師資隊伍，不斷完善實(shí)驗與科研條件，為學(xué)生成長(cháng)提供強有力的保障。