隨著(zhù)中國高等教育體制的改革，2000年4月原復旦大學(xué)與原上海醫科大學(xué)合并，成立新的復旦大學(xué)，于2001年7月27日成立復旦大學(xué)醫學(xué)院，現更名為復旦大學(xué)上海醫學(xué)院。學(xué)院依托綜合性、研究型大學(xué)的學(xué)科優(yōu)勢，遵循臨床與基礎結合的方針，加強拓展與相關(guān)專(zhuān)業(yè)的交叉融合，以學(xué)科建設為根、以人才梯隊建設為本，旨在培養具有科學(xué)基礎寬厚、專(zhuān)業(yè)技能扎實(shí)、創(chuàng )新能力強、發(fā)展潛力大的高級醫學(xué)人才。

　　為創(chuàng )辦綜合性大學(xué)的一流醫學(xué)院，促進(jìn)基礎醫學(xué)和臨床醫學(xué)的結合，加快醫學(xué)學(xué)科建設，由上海醫學(xué)院的領(lǐng)導和學(xué)校附屬醫院的院長(cháng)組成上海醫學(xué)院院務(wù)委員會(huì )，是學(xué)院的咨詢(xún)決策機構。在教學(xué)管理架構上設有27個(gè)系。在行政管理架構上設有黨委辦公室、院長(cháng)辦公室、學(xué)科建設辦公室、教學(xué)管理辦公室、科研管理辦公室、研究生教育辦公室和本科生工作組、研究生工作組八個(gè)職能部門(mén)，負責管理和協(xié)調學(xué)院各方面的工作。學(xué)院現有國家重點(diǎn)學(xué)科22個(gè)，一級學(xué)科國家重點(diǎn)學(xué)科3個(gè);國家重點(diǎn)實(shí)驗室1個(gè);“211工程”(二期)建設重點(diǎn)學(xué)科8個(gè);教育部、衛生部重點(diǎn)實(shí)驗室9個(gè);上海市重點(diǎn)學(xué)科5個(gè);上海市臨床醫學(xué)中心8個(gè)。有博士后流動(dòng)站4 個(gè)，博士點(diǎn)35個(gè)，碩士點(diǎn)39個(gè)。

　　學(xué)院擁有一支國內一流的師資隊伍，其中既有一批在國內外享有盛譽(yù)，學(xué)術(shù)造詣深，醫術(shù)精湛的老一輩專(zhuān)家教授，又有一批近年來(lái)迅速成長(cháng)起來(lái)的中青年學(xué)術(shù)骨干和學(xué)科帶頭人。他們中有中國科學(xué)院院士2名，中國工程院院士4名，教育部長(cháng)江特聘教授10名，國家杰出青年科學(xué)基金獲得者10名。學(xué)院現有博士生導師249名，碩士生導師451名。為了保持一支穩定的、熱愛(ài)教育工作的臨床醫學(xué)師資隊伍，學(xué)院對學(xué)校各附屬醫院的教師實(shí)施臨床授課教授崗位聘任制，聘任授課教師554 名，其中授課教授204人，授課副教授206人，助理教授144人。近年來(lái)，上海醫學(xué)院已與美國哈佛大學(xué)醫學(xué)院、美國哥倫比亞大學(xué)醫學(xué)院、澳大利亞悉尼大學(xué)醫學(xué)院、荷蘭格羅寧根大學(xué)醫學(xué)院、瑞典Umea大學(xué)醫學(xué)院、加拿大大不列顛哥倫比亞大學(xué)、日本大阪大學(xué)、香港大學(xué)李嘉誠醫學(xué)院、香港中文大學(xué)醫學(xué)院等建立了院際關(guān)系，雙向進(jìn)行科研項目合作，學(xué)者相互訪(fǎng)問(wèn)交流，選派青年教師進(jìn)修學(xué)習，開(kāi)展在讀醫學(xué)生的互換實(shí)習等活動(dòng)。