歷史學(xué)系是復旦大學(xué)最為悠久的系科之一，1905年復旦公學(xué)高等正齋創(chuàng )設伊始，就在文科中開(kāi)設有歷史學(xué)課程。1925年正式設系，時(shí)稱(chēng)史學(xué)系。1937年隨校本部遷往重慶，1938春改為史地學(xué)系。1949年夏，暨南大學(xué)和同濟大學(xué)文學(xué)院并入復旦，由于地理教學(xué)力量較弱，其他院校史地也多分開(kāi)設系，遂議決改為史學(xué)系。1952年全國院系調整時(shí)，因為得到江浙多所大學(xué)著(zhù)名史家的加盟，復旦歷史系獲得前所未有的發(fā)展機遇。本系的教授，在中國史方面，有周予同、譚其驤、陳守實(shí)、胡厚宣、馬長(cháng)壽、蔡尚思、楊寬等;在世界史方面，有周谷城、王造時(shí)、耿淡如、陳仁炳、章巽、田汝康等。還有當時(shí)已脫穎而出的中青年史家，如程博洪、張蔭桐、胡繩武、趙人龍、金沖及等。一大批學(xué)者匯聚于此，逐步形成了復旦歷史系自身的研究特色。如周谷城關(guān)于世界古代史及其他領(lǐng)域的研究，譚其驤的中國歷史地理研究，周予同的經(jīng)學(xué)史研究，陳守實(shí)的中國土地制度研究，胡厚宣的甲骨文研究，蔡尚思的中國思想文化史研究，楊寬的先秦史研究，章巽的中國古代海上交通研究，田汝康的古代中國與東南亞地區的海上交通和華僑問(wèn)題、民族問(wèn)題研究等，都有很高的學(xué)術(shù)建樹(shù)。如周予同先生所言，歷史系的發(fā)展要定位于“為復旦爭取學(xué)術(shù)地位”，正是老一輩學(xué)者的工作，奠定了歷史學(xué)系在復旦大學(xué)、在中國史學(xué)界的學(xué)科地位。
1981年，教育部公布首批博士點(diǎn)，歷史學(xué)系中國古代史、歷史地理學(xué)、世界上古史中古史、世界地區史國別史專(zhuān)業(yè)占據其中4席。1994年被教育部列入“國家文科基礎學(xué)科人才培養基地”，1996年建立了歷史學(xué)博士后流動(dòng)站，1997年成為中國國內首批五家獲得歷史學(xué)一級學(xué)科博士授予權的單位之一。近年來(lái)，在學(xué)科建設上也有所突破，2004年“中外現代化進(jìn)程研究中心”列入教育部人文社科重點(diǎn)研究基地;2007年“中國近現代史”成為“國家重點(diǎn)學(xué)科”。
從1980年代后期起，原屬歷史系的歷史地理和文物與博物館專(zhuān)業(yè)，先后獨立為歷史地理研究所和文物與博物館學(xué)系。復旦大學(xué)歷史系則在歷史學(xué)一級學(xué)科之下，設有史學(xué)理論與史學(xué)史、中國古代史、中國近現代史、世界史、專(zhuān)門(mén)史、歷史文獻學(xué)、當代中國史七個(gè)二級學(xué)科，各學(xué)科均招收碩士生和博士生�；诒究萍把芯可虒W(xué)安排的需要，基本學(xué)科架構主要劃分為中國古代史、中國近現代史、世界史，而在科研工作中，則不限于此。除此三者外，還按照專(zhuān)門(mén)史、歷史文獻學(xué)、西方史學(xué)史及史學(xué)理論等上述二級學(xué)科方向進(jìn)行組織。
進(jìn)入2011年，隨著(zhù)國務(wù)院學(xué)位委員會(huì )和教育部頒行新的學(xué)科目錄，原歷史學(xué)一級學(xué)科被拆分為中國史、世界史和考古學(xué)三個(gè)一級學(xué)科。復旦大學(xué)歷史系將依照新調整的學(xué)科設置，根據自身傳統的學(xué)科優(yōu)勢進(jìn)行整合，努力在中國史和世界史兩個(gè)研究領(lǐng)域進(jìn)一步開(kāi)拓創(chuàng )新，在人才培養與科學(xué)研究中不斷取得新的成績(jì)。