理學(xué)院始建于1980年11月，經(jīng)國家醫藥管理總局批復同意，基礎部正式成立。并將無(wú)機教研室及英語(yǔ)教研室歸基礎部管理。

　　1984年4月，學(xué)校根據教學(xué)工作發(fā)展的需要，在基礎部增設了電子計算機應用教研室，又稱(chēng)微電腦教研室，并將數理教研室分設為數學(xué)教研室和物理教研室，隸屬基礎部。1987年微電腦教研室更名為計算機中心，1988年3月數學(xué)教研室又分設為應用數學(xué)教研室和高等數學(xué)教研室。

　　1990年基礎部作為學(xué)校第一個(gè)院部搬遷至中國藥科大學(xué)燕子磯校區。

　　1992年2月28日有機教研室隸屬于基礎部管理。

　　1993年學(xué)校重新對教研室做了全面的調整，基礎部根據需要分別成立了無(wú)機、外語(yǔ)、體育、數學(xué)、分析、物理、物化、有機8個(gè)教研室以承擔相應的教學(xué)及科研任務(wù)。

　　1993年11月24日，成立計算機教研室隸屬于基礎部。

　　1994年5月16日，為加強我校的外語(yǔ)教學(xué)和培訓工作，面向社會(huì )，為經(jīng)濟建設培訓人才和提高廣大教職工、科研人員的外語(yǔ)水平，經(jīng)研究決定成立中國藥科大學(xué)外語(yǔ)培訓中心，和外語(yǔ)教研室為一套班子，兩塊牌子，并隸屬于基礎部。

　　1995年12月，學(xué)校以分析化學(xué)教研室為基礎成立了“新藥質(zhì)量標準研究中心”，隸屬于基礎部。該中心建立了一套符合GLP標準的質(zhì)量標準實(shí)驗室，為我國的新藥研究提供整套基礎性和應用性的研究資料和方案。1996年9月19日，學(xué)校為充分發(fā)揮基礎部有關(guān)學(xué)科的優(yōu)勢，集中力量開(kāi)展科研工作，成立了“中國藥科大學(xué)應用化學(xué)研究所”。

　　1997年基礎化學(xué)實(shí)驗室成立，并于1998年9月通過(guò)江蘇省教委合格評估，1999年底被評選為江蘇省高等學(xué)校教學(xué)實(shí)驗中心，為全省高校中僅有的6個(gè)化學(xué)教學(xué)實(shí)驗中心之一。

　　2000年4月7日，學(xué)校正式成立外語(yǔ)系，并歸屬于基礎部管理，正式面向全國招生。

　　2003年信息管理與信息系統專(zhuān)業(yè)隸屬基礎部。同年9月，基礎部建立了信息管理與信息系統教研室，調整教學(xué)計劃，明確培養目標與要求，建立了合理的師資隊伍。

　　2009年，外語(yǔ)系獨立建制。2011年，成立環(huán)境科學(xué)教研室，逐漸夯實(shí)專(zhuān)業(yè)基礎，保證新專(zhuān)業(yè)人才培養質(zhì)量。

　　2012年5月基礎部更名為理學(xué)院。

　　理學(xué)院現有教職工193人，其中教授10人，副教授51人;涵蓋2個(gè)本科專(zhuān)業(yè)：環(huán)境科學(xué)與信息管理與信息系統專(zhuān)業(yè)；8個(gè)教研室：數學(xué)、物理、分析化學(xué)、無(wú)機化學(xué)、有機化學(xué)、物理化學(xué)、環(huán)境科學(xué)、信息管理科學(xué)等教研室；1個(gè)基礎化學(xué)實(shí)驗中心。其中，分析化學(xué)專(zhuān)業(yè)擁有碩士學(xué)位授予點(diǎn)；藥物化學(xué)、藥物分析學(xué)、信息管理與信息系統專(zhuān)業(yè)擁有碩士、博士學(xué)位授予點(diǎn)。

　　理學(xué)院以培養高素質(zhì)創(chuàng )新型藥學(xué)人才為目標，著(zhù)力推進(jìn)大學(xué)生素質(zhì)教育，組織開(kāi)展一系列高層次、高品位的校園科技文化活動(dòng)，努力創(chuàng )造更好的育人環(huán)境，構建和諧校園文化。師生嘉年華、肆彩時(shí)代、寢室文化節、三人創(chuàng )意演講等活動(dòng)充分展示了當代學(xué)子風(fēng)采；多個(gè)校外愛(ài)國主義教育實(shí)踐基地的主題活動(dòng)立意深刻、形式新穎；暑期社會(huì )實(shí)踐活動(dòng)多次獲得省級榮譽(yù)；全國大學(xué)生數學(xué)建模比賽和“挑戰杯”等賽事成績(jì)喜人。同時(shí)，我院承擔國家和企業(yè)的科研項目近百項，國家、省部、校級教改課題數十項；主編“十五”、“十一五”國家規劃教材十余部；獲省級精品課程3門(mén)，國家級教學(xué)成果一等獎1項、二等獎1項，省級特等獎1項、二等獎2項，省級精品教材獎2項。

　　面對新的機遇與挑戰，我院將竭誠與社會(huì )各界攜手，聚精會(huì )神搞建設，改革創(chuàng )新謀發(fā)展；以學(xué)科建設為主線(xiàn)，堅持育人為本，“產(chǎn)、學(xué)、研”相結合的辦學(xué)思路，繼承發(fā)揚“精業(yè)濟群”的優(yōu)良校風(fēng)，共創(chuàng )理學(xué)院美好未來(lái)！