中藥學(xué)院前身為南京藥學(xué)院生藥系，80年代初改名為中藥系，1985年經(jīng)國家教委批準，獨立籌建南京中藥學(xué)院，1986年根據國家教委決定，與南京藥學(xué)院合并，成立中國藥科大學(xué)，改稱(chēng)中國藥科大學(xué)中藥學(xué)院。1998年12月，中藥研究所并入中藥學(xué)院。
　　中藥學(xué)院現設有7個(gè)教研室、3個(gè)研究室和3個(gè)本科教學(xué)實(shí)驗中心，并附設中藥標本館與藥用植物園�，F有學(xué)生2300余名，其中本科生1700名，碩士生、博士生600余名。本科生的培養設中藥學(xué)和中藥資源與開(kāi)發(fā)專(zhuān)業(yè)，其中中藥學(xué)專(zhuān)業(yè)為國家特色專(zhuān)業(yè)建設點(diǎn)、江蘇省品牌專(zhuān)業(yè)；中藥資源與開(kāi)發(fā)專(zhuān)業(yè)為江蘇省品牌專(zhuān)業(yè)建設點(diǎn)。在中藥學(xué)專(zhuān)業(yè)內分設中藥分析、中藥制藥、中藥生物技術(shù)三個(gè)專(zhuān)業(yè)方向。中藥學(xué)院設有國務(wù)院學(xué)位委員會(huì )批準的中藥學(xué)一級學(xué)科博士點(diǎn)，生藥學(xué)二級學(xué)科博士點(diǎn)，中西醫結合基礎（藥學(xué)）二級學(xué)科博士點(diǎn)，學(xué)校自主設立的天然藥物化學(xué)二級學(xué)科博士點(diǎn)。其中，中藥學(xué)學(xué)科為國家一級重點(diǎn)學(xué)科培育建設點(diǎn)，生藥學(xué)學(xué)科是國家級重點(diǎn)學(xué)科，天然藥物化學(xué)學(xué)科是藥物化學(xué)國家級重點(diǎn)學(xué)科的重要組成部分。我院設有中藥學(xué)博士后流動(dòng)站，并是我校藥學(xué)博士后流動(dòng)站的重要組成部分，各學(xué)科方向均可招收博士后研究人員。
　　學(xué)院現有教職工110余名，包括教授18名，副教授36名，講師47名，其中長(cháng)江學(xué)者特聘教授2名，博士生導師13名。已故的著(zhù)名中醫藥學(xué)家、中國科學(xué)院學(xué)部委員葉桔泉教授在學(xué)院執教終身；已故的徐國鈞院士是我國生藥學(xué)學(xué)科的開(kāi)拓者之一，他創(chuàng )立的中藥粉末鑒定學(xué)具有國際先進(jìn)水平。
　　學(xué)院承擔了多項國家重點(diǎn)科技攻關(guān)項目、國家“863”重大專(zhuān)項和國家自然科學(xué)基金重點(diǎn)項目、“重大新藥創(chuàng )制”國家重大科技專(zhuān)項及省部級重點(diǎn)科研項目，獲得了包括國家科技進(jìn)步一等獎在內的多項國家和省部級獎勵，研究開(kāi)發(fā)出以關(guān)附甲素一類(lèi)新藥為代表的一批創(chuàng )新藥物。